Primjena posebnog poreza na plaće i mirovine, tzv. 'kriznog poreza' unosi nedoumice u porezne stručnjake. Zasad još nije jasno da li će se primjenjivati od 1. kolovoza kada bi zakon trebao stupiti na snagu ili od kasnijeg datuma. Savjetnici iz KPMG Croatia upozoravaju i na moguće probleme u primjeni
Prijedlog zakona predviđa da novi porez plaća na primitke od samostalnog rada, mirovine i drugi dohodak (slobodna zanimanja, autorske naknade i sl.), a porezna osnovica je 'neto primitak', odnosno plaća, mirovina, ili drugi primitak nakon umanjenja za obvezne doprinose i premije osiguranja (pr. životno osiguranje, III stup mirovinskog osiguranja), predujma poreza na dohodak i prireza, ali prije svih obustava (npr. obustave rate kredita).

Budući da se porez plaća na iznos koji se umanjuje za porezno priznate premije osiguranja, stručnjaci KPMG-a upozoravaju na probleme u primjeni ove odredbe u slučaju kada isplatitelj (poslodavac) ne uplaćuje te premije umjesto primatelja plaće već ih primatelj sam uplaćuje. Zbog tih olakšica neki obveznici imaju veću neto plaću pa će plaćati i veće iznose kriznog poreza.

Drugi je problem s honorarcima, odnosno osobama koje imaju više izvora primitaka. Kako se krizni porez plaća na ukupne primitke tijekom jednog mjeseca, postavlja se pitanje na koji će način isplatitelji honorara imati uvid koliko je primatelj već zaradio u određenom mjesecu, tj. da li uopće treba obračunati posebni porez (ukoliko su ukupni primici manji od 3.000 kuna) ili koji porezu stopu treba primijeniti.