Penić je na čelu Fonda za privatizaciju bio od 1. travnja 1993. do 7. lipnja 1995. godine, a nakon toga je postao ministar privatizacije i upravljanja državnom imovinom, da bi krajem 1996. godine preuzeo Ministarstvo unutarnjih poslova.

Većina kontroverzi koje se vežu uz Penića potiče upravo iz njegovog mandata na čelu policije, jer su nakon promjene vlasti 2000. godine otkriveni dosjei o prisluškivanju oporbenih političara i novinara.

No, uz Penićevo ime veže se i više privatizacijskih afera, od hotela Solitudo i tvrtke VIO do Geofizike. Upravo o njegovoj ulozi u privatizaciji Geofizike iz policije je u Državno odvjetništvo stiglo posebno izvješće, zbog čega bi Penić i još jedan od šefova Fonda uskoro mogli biti optuženi.

Natječaj za privatizaciju Geofizike objavljen je u siječnju 1994. godine, a kompanija se prodavala po početnoj cijeni od 845.000 njemačkih maraka, što je bila njezina knjigovodstvena vrijednost, dok stvarna vrijednost nije procijenjena iako se to po zakonu moralo učiniti.

Geofizika je ubrzo za nešto više od dva milijuna njemačkih maraka prodana Miji Meteru, Nikoli Štefancu i Mati Buljanu. Zbog toga su se ubrzo pobunili radnici jer nisu dobili priliku kupiti dionice tvrtke, a otkrilo se i da je kompanija podcijenjena - u sudskoj nagodbi iz 1997. godine vrijednost Geofizike procijenjena je na 9,2 milijuna maraka, a prema nekim procjenama kompanija je tada možda vrijedila i 40 milijuna maraka.

Nakon te nagodbe radnici su dobili mogućnost kupnje dionica, dok trojica kupaca nisu morali ništa doplaćivati jer im je priznata izgubljena dobit za tri godine u kojima nisu mogli raspolagati tvrtkom (za razdoblje od 1994. do 1997. godine).

Koliko je poznato, protiv tadašnjih kupaca i današnjih suvlasnika Geofizike zasad nema kaznenog postupka.